Нагарджуна родился в богатой семье брахманов на юге Индии. Вероятно, это произошло в начале второго столетия нашей эры. Он стал буддийским монахом, а затем великим философом. Он создал школу Мадхьямика, или Средний Путь, буддийское учение о мудрости в понимании взаимозависимого происхождения, относительной природе реальности и отсутствии абсолютной реальности или пустоте.
Иногда говорят, что он был настоятелем в Наланде, великом махаянском буддистском монастыре / университете недалеко от Бодхгая, Индия (однако, монастырь в Наланде был основан не ранее третьего века нашей эры). Во время его предполагаемого настоятельства страна переживала голодные времена и для монахов не было еды.

Согласно легенде, Нагарджуна отправился на далекую планету и принес оттуда секретный химикат, который мог превращать в золото простые металлы. Посредством золота, добываемого таким образом Нагарджуна поддерживал монахов в течении шести лет. Когда монахи узнали о том, что он делает и продает золото, они выгнали его из монастыря, так как ведение бизнеса без разрешения, даже для их блага, было нарушением правил Виная, предписаний для поведения монахов.
После того, как Нагарджуна покинул монастырь, он отправился в лес, где занимался религиозной практикой и достиг высшего духовного совершенства Махасиддхи. Вот одна из историй о его практике:

В первый же день чтения мантр двенадцать демонов из главного круга злых духов сотрясли землю. На второй день они вызвали наводнение. Огонь вспыхнул на третий день, а на четвертый начался ураган. Пятый день был ознаменован дождем из разного оружия, а шестой - камнепадом. На седьмой день появились демоны обоего пола, разбрасывая все вокруг, но и они оказались не в силах прервать медитацию Нагарджуны. Затем женщины-демоны с севера пришли к нему и сказали: " Чем мы можем служить тебе ? " Приносите мне то, что нужно для поддержания жизни, мне не нужно ничего сверх",- ответил Нагарджуна. И они каждый день приносили ему четыре горсти риса и немного овощей. Питаясь так, мастер практиковал двенадцать лет, и все это время сто восемь демонов находилось в его власти, а его мысли были направлены на благо живых существ.

В течении своей жизни Нагарджуна дал множество учений и выиграл много дебатов. У него было много учеников. Также он построил множество ступ и храмов. Он писал работы по философии Мадхъямики и по религии. Он писал руководства по изготовлению мандал, благовоний из трав и астрологии.
Почти все его книги были переведены на Тибетский в восьмом веке, во времена правления царя Трисонга Децена. Их можно найти в Танджуре, собрании комментариев к буддийским сутрам. Один из его знаменитых комментариев гласит: всему, что рождается, суждено умереть, все, что накоплено, будет потрачено, все, что создано, непостоянно. Поэтому не расстраивайтесь по поводу этих законов природы. Его учениям до сих пор следуют многие во всех странах, где практикуют буддизм Махаяны.

По легенде его приглашали учить нагов, которые обычно принимают форму змей. Хотя его приглашали остаться с ними, он не остался и получил от них двенадцать томов Праджняпарамиты (которые сейчас хранятся в храме Нагарджуны в Катманду) и глину нага, при помощи которой он строил ступы. Обычно его изображают со змеиным навесом над головой, что говорит о том, что среди его учеников были нага и что он находится под их защитой. Имя Нагарджуна также означает, что он пользовался успехом у нагов.

Последнюю часть жизни Нагарджуна провел в медитации у горы, Шри Праварта на юге Индии, но об этом очень мало исторических данных. Одна общая устная легенда о его смерти гласит, что Хинду, его оппоненты по дебатам, попросили его умереть, так как никак не могли одолеть его в дебатах и в то же время они не могли причинить ему никакого вреда.

Нагарджуна согласился, но сказал, что только один из участников дискуссии, который был в прошлой жизни муравьем и которого Нагарджуна убил куском травы Куша имеет силу для того, чтобы убить его. Таким образом, этот оппонент отрубил Нагарджуне голову стеблем травы Куша.
После его смерти один из его учеников, Арьядева, продолжал нести его учения. Не существует единого мнения относительно того, сколь долго прожил Нагарджуна, причем оценки длительности его жизни колеблятся в пределах 150 - 300 лет! Говорят, что тело его сохранилось у Шри Праватра в ожидании Будды Майтреи.